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대지의 열매에서 버림받은 세계. 기이한 모양의 오염수(汚染獸)들이 도시 주위를 활보하고, 인류는 그 자체가 의식을 갖고 보행하는 『레기오스(자율형 이동도시)』에서 살아간다. 그 중 하나, 학원도시 체르니의 신입생 레이폰은 일반과 학생이었지만 입학식의 소동으로 학생회장에게 재능을 간파당해 무예과로 전과하는 처지가 된다. 체르니에서도 오염수의 공격에 대비해 선발된 사람들이 자위소대를 조직하고 있었다. 대가 센 소녀 니나 안토크의 소대에 배속되는 레이폰. 그러나 그에게는 검을 들 수 없는 이유가 있었다…. 싸움을 버린 소년이 한 소녀와 만나 기적을 낳는다.