야마토가 이끄는 우즈마키 나루토, 하루노 사쿠라, 사이는 루란 유적 아래에 위치한 고대 차크라 류무야쿠를 쫓고 있는 불량 닌자 무카데를 사로잡는 임무를 맡는다.
류미야쿠가 제4 호카게에 의해 봉해졌지만, 이 단체는 무카데가 힘을 방출하는 것을 막지 못했다.
결과적으로, 강한 에너지 폭발은 나루토와 야마토 둘 다 탈출하기 전에 삼킨다.

웅장하면서도 적대적인 왕국에서 깨어나는 나루토는 젊은 여왕 사라와 세 명의 코노하가쿠레 닌자를 극비 임무로 만난다.
그들은 그에게 그가 20년 전에 루란으로 시간여행을 갔다는 것을 밝힌다!
설상가상으로 무카데는 이미 궁중에 잠입하여 안로쿠잔이라는 가명으로 순진한 왕비가 가장 신임하는 대신이 되었다.

닌자 세 명과 힘을 합쳐 나루토는 악당의 계획을 저지하고 현재로 돌아가려면 반드시 사라의 생명을 지켜야 한다.