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15년전, 북대서양 해상. 화물선이 빙산에 격돌해 침몰했는데 배에 타고 있던 선장과 3등 항해사가 사망했다. 3개월 전, 어느 조선소에 근무하던 선박 설계사가 자택에서 출발하여 차를 운전하다 언덕 아래로 추락사하는 일이 벌어졌다. 소노코의 초청을 받은 코난, 모리 부녀, 하이바라, 아가사, 소년 탐정단은 초호화 여객선 '아프로디테'호에 승선했다. 승선 이튿날, 란과 소노코는 소년 탐정단과 숨바꼭질을 하기로 한다. 코난은 원래 하기 싫었지만 란의 의심을 피하기 위해 어쩔수 없이 하기로 한다. 이어 제한시간은 30분으로 정하고 소노코와 하이바라가 술래가 되어 시작했는데 배구공을 축구공 삼아 슈팅 연습을 하고있던 코난은 제일 먼저 잡혔고 아유미와 츠부히코, 겐타는 금방 발견됐지만 란만은 용케 잡히지 않았다. 그런데 갑자기 탐정단 뱃지가 울리더니 소노코의 다급한 음성이 흘러나왔다. 차가운 곳에 갇혀있다던 소노코는 크루즈 안 영안실에서 발견됐다. 하지만 납치감금 소동은 시작에 불과했다. 나중에는 야시로 그룹 회장인 야시로 엔타로가 실종됐다 바다 한가운데서 시체로 발견됐고 그의 딸 야시로 타카에 또한 시체로 발견된 것이다. 이런 소란때문에 결국 즐거워야할 환영파티마저도 몇몇 승객이 사건 이야기를 꺼내버리는 바람에 분위기가 어수선하게 변해버린다. 그리고 남몰래 사건을 파헤치고 다니던 코난은 엉뚱한 사람을 지목하는 코고로를 대신해 아가사 박사의 목소리로 진범을 밝혀낸다. 하지만 곧 알수없는 찜찜함을 느끼는데....